Semana Europea del Cáncer de Pulmón: Avances en la identificación de biomarcadores con GeoMx DSP

Semana Europea del Cáncer de Pulmón: Avances en la identificación de biomarcadores con GeoMx DSP

En la Semana Europea del Cáncer de Pulmón, queremos compartir dos artículos en los que se muestran los resultados de investigaciones sobre esta enfermedad, utilizando la tecnología de NanoString.

Biomarkers Associated with Beneficial PD-1 Checkpoint Blockade in Non-Small Cell Lung Cancer (NSCLC) Identified Using High-Plex Digital Spatial Profiling

Este artículo aborda la necesidad de identificar biomarcadores más robustos para predecir la respuesta a la terapia con inhibidores de PD-1 en pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas (NSCLC), ya que solo una minoría de estos pacientes se benefician realmente de esta terapia.
Para ello, se analizaron muestras tumorales de 67 casos de NSCLC tratados con inmunoterapia, utilizando la tecnología de NanoString, GeoMx Digital Spatial Profiling (DSP), para cuantificar distintos parámetros inmunológicos en cuatro compartimentos específicos del tejido (tumor, leucocitos, macrófagos y estroma no inmune).

Se observó una asociación de varios marcadores con los resultados clínicos. Por ejemplo, se observó que los niveles altos de CD56 y CD4 en el compartimento CD45 fueron los únicos marcadores que fueron predictivos para todos los resultados clínicos, incluyendo la supervivencia libre de progresión (PFS) y supervivencia global (OS).

Este estudio muestra el potencial de la tecnología DSP para identificar biomarcadores de respuesta a la terapia con inhibidores de PD-1 en NSCLC, destacando varios predictores inmunológicos relevantes que merecen ser validados en cohortes independientes más grandes.

The spatial transcriptomic landscape of non-small cell lung cancer brain metastasis

Las metástasis cerebrales (BrMs) son un fenómeno común en el cáncer de pulmón en etapa avanzada y están asociadas con un pronóstico desfavorable. Una vez que el cáncer se ha extendido al cerebro, las opciones de tratamiento son limitadas.
Dada la prevalencia de las BrMs y la alta morbilidad y mortalidad asociadas, existe una necesidad urgente de identificar biomarcadores pronósticos para la estratificación de pacientes, targets terapéuticos para la intervención, y análisis genómicos y transcriptómicos de la respuesta terapéutica.
Para comprender el mecanismo de la metástasis y mejorar el pronóstico y tratamiento, en este estudio se analizaron muestras de tumores primarios y metastásicos de 44 pacientes con cáncer de pulmón de células no pequeñas mediante GeoMx Digital Spatial Profiling.

Este enfoque permitió crear un mapa completo del transcriptoma de las metástasis, utilizando marcadores morfológicos para el núcleo del tumor, el microambiente inmunitario del tumor (TIME) y el microambiente tumoral cerebral (TBME).
Los resultados indican que el microambiente tumoral (TME) en el cerebro, incluyendo el TIME y el TBME, experimenta una remodelación extensa para crear un nicho inmunosupresor y fibrogénico para las metástasis cerebrales. Específicamente, el TME cerebral se caracteriza por una reducción en la presentación de antígenos y en la función de las células B y T, un aumento en los neutrófilos y macrófagos tipo M2, microglía inmadura y astrocitos reactivos.

El análisis diferencial de expresión génica y de redes identifica la fibrosis y la regulación inmunitaria como los principales módulos funcionales alterados en ambos microambientes tumorales, tanto en el pulmón como en el cerebro.

Además de proporcionar una visión a nivel sistémico sobre el mecanismo de la metástasis cerebral en el cáncer de pulmón, este estudio revela posibles biomarcadores pronósticos y sugiere que las estrategias terapéuticas deben adaptarse al estado inmunitario y de fibrosis de las metástasis cerebrales.

En Citogen, contamos con la tecnología de NanoString para realizar estudios de análisis transcriptómico y proteómico. Puede obtener más información sobre nuestros servicios de Genómica y Transcriptómica a través de este link:

Identificación Genética en Biescas: Citogen ayuda a revelar el Pasado

Identificación Genética en Biescas: Citogen ayuda a revelar el Pasado

Identificación Genética en Biescas: Citogen ayuda a revelar el Pasado

Citogen ha participado en un proyecto crucial para la recuperación de la memoria histórica en Biescas: la identificación de nueve víctimas de la dictadura franquista, cuyos restos fueron exhumados en una fosa común en el Cementerio Municipal de Jaca.

El proyecto de intervención arqueológica, liderado por la Asociación para la Recuperación de la Memoria Histórica (ARMH), tenía como objetivo localizar, exhumar e identificar los restos de nueve víctimas de la dictadura. Este esfuerzo, iniciado en mayo de 2023, fue una colaboración entre asociaciones, arqueólogos, antropólogos y nuestro equipo de especialistas en genética forense de Citogen.

Nuestro laboratorio ha sido responsable de realizar los análisis genéticos que permitieron la identificación de las víctimas. Utilizando la última tecnología disponible en genética forense, la NGS, se ha podido dar un nombre a esas personas.

Las muestras de los restos exhumados fueron enviadas a nuestras instalaciones, donde se realizaron las pruebas genéticas, extracción de ADN y obtención de perfiles genéticos. Este proceso incluyó la comparación de los perfiles genéticos obtenidos a partir de los restos óseos con los procedentes de muestras proporcionadas por los familiares de las víctimas, pudiendo así confirmar la identidad de las nueve víctimas.

En Citogen, estamos comprometidos con la utilización de la ciencia para la resolución de aquellos casos que han permanecido sin respuesta durante años.

¡Descubre los Momentos Estelares de la Gala de FAN y Participa en Nuestro Innovador Concurso de Fotografía IA!

¡Descubre los Momentos Estelares de la Gala de FAN y Participa en Nuestro Innovador Concurso de Fotografía IA!

Este lunes 6 de mayo, el Teatro Principal de Zaragoza se vistió de gala para acoger la celebración de la undécima edición del Festival Aragón Negro (FAN), un evento que cada año se supera en magnitud y participación. La noche estuvo marcada por la presencia de destacadas figuras literarias como Lorenzo Silva, Marta Fernández Vázquez y Victoria González Torralba, quienes fueron homenajeados con premios que reconocen sus aportes a la literatura negra española. La gala, que comenzó con vibrantes actuaciones musicales y danza, fue un reflejo del espíritu cultural que FAN busca promover a través de sus diversas actividades.

Con más de 34 sedes repartidas por todo Aragón y un programa que se extiende durante todo el mes de mayo, el festival sigue reafirmando su compromiso con la cultura y la colaboración público-privada. Este año, el evento contó con el apoyo de diversas entidades y empresas, incluyendo a Citogen, un año más, como referentes en el campo de la genética clínica en España.

Participa en el I Concurso de Fotografía generada con Inteligencia Artificial: “Ciencia Forense a Través del Lente Digital”

En el marco del XI Festival Aragón Negro, Citogen, se enorgullece de anunciar el lanzamiento del I Concurso de Fotografía generada con Inteligencia Artificial bajo el tema “Ciencia Forense a Través del Lente Digital”. Este concurso busca fomentar la creatividad y el conocimiento de la ciencia forense a través de la tecnología más avanzada en generación de imágenes.

Requisitos de participación:

El concurso está abierto a todos los residentes en España, y animamos especialmente a los jóvenes creativos a participar (con la autorización correspondiente para menores de 18 años). Las obras deben centrarse en la temática de la ciencia forense, demostrando cómo esta disciplina es clave en la resolución de crímenes mediante el uso de herramientas de Inteligencia Artificial como DALL-E, Copilot, y otras.

Temática y condiciones:

  • Las obras deberán centrarse en la ciencia forense, mostrando su importancia en la resolución de crímenes.
  • Cada participante puede presentar hasta dos fotografías, las cuales deben ser generadas mediante herramientas de Inteligencia Artificial y no haber sido premiadas previamente ni estar participando en otros concursos.

Presentación y plazos:

Los trabajos deben enviarse por correo electrónico a marketing@dlongwood.com antes del 31 de mayo de 2024, incluyendo los datos personales del autor y, en caso de menores, la autorización correspondiente.

Premios:

Se otorgarán premios atractivos para los ganadores, incluyendo lotes de libros, perfiles genéticos y premios en efectivo.

  • 1er Premio: lote de libros, realización de perfil genético y 150 €
  • 2º Premio: lote de libros, realización de perfil genético y 75 €

Jurado y publicación:

El jurado estará compuesto por representantes del Festival Aragón Negro y Grupo Longwood, quienes decidirán los ganadores. Las obras ganadoras podrán ser publicadas en los sitios web del festival y de Citogen, cediendo los autores sus derechos de publicación digital.

¿Por qué participar?

Participar en este concurso no solo es una oportunidad para explorar la intersección entre la tecnología y la creatividad, sino también una forma de contribuir al avance del conocimiento y la apreciación de la ciencia forense. Además, es una chance de ganar premios que enriquecerán tanto tu desarrollo personal como profesional.

Desde Citogen, invitamos a todos los entusiastas de la tecnología, la fotografía y la ciencia forense a unirse a nosotros en esta emocionante aventura de innovación y creatividad.

¡Esperamos ver tus increíbles aportaciones!

El potencial de la tecnología SomaScan de SomaLogic en la identificación de biomarcadores para la enfermedad de Parkinson

El potencial de la tecnología SomaScan de SomaLogic en la identificación de biomarcadores para la enfermedad de Parkinson

En conmemoración del Día Mundial del Parkinson, destacamos dos estudios que utilizan la plataforma de análisis proteómico SomaScan, desarrollada por SomaLogic, para identificar biomarcadores de esta enfermedad.

Comprehensive proteomics of CSF, plasma, and urine identify DDC and other biomarkers of early Parkinson’s disease.

Este estudio, publicado en marzo de este año, en Acta Neuropathologica y llevado a cabo en la Universidad de Stanford, aborda la necesidad de biomarcadores en las etapas tempranas del Parkinson. La enfermedad comienza a nivel molecular y celular mucho antes de que aparezcan los síntomas motores, pero no hay biomarcadores específicos que ayuden al diagnóstico, la predicción del pronóstico y el seguimiento de la respuesta terapéutica.

Este equipo de investigación realizó un estudio proteómico a gran escala, utilizando métodos como SomaScan, con muestras de líquido cefalorraquídeo, plasma sanguíneo y orina de más de 4.800 participantes en siete cohortes diferentes.

Los resultados revelaron que cientos de proteínas estaban sobreexpresadas en el líquido cefalorraquídeo, la sangre o la orina de pacientes con Parkinson. Entre los biomarcadores identificados se destacan la dopa decarboxilasa (DDC) o el factor 1 modificador de sulfatasa (SUMF1), entre otros. Particularmente, la DDC, encargada de catalizar el paso final en la síntesis de dopamina, se encontró consistentemente sobreexpresada en el líquido cefalorraquídeo y la orina de pacientes con Parkinson, lo que sugiere su potencial utilidad como marcador diagnóstico y pronóstico.

Identification of a possible proteomic biomarker in Parkinson’s disease: discovery and replication in blood, brain and cerebrospinal fluid

En otro estudio reciente, publicado en diciembre de 2022 en Brain Communications y llevado a cabo en la Universidad de Oxford, emplearon la tecnología SomaScan para medir proteínas en 1599 muestras de suero, 85 muestras de líquido cefalorraquídeo y 37 muestras de tejido cerebral recogidas de dos cohortes longitudinales observacionales (el Centro de Parkinson de Oxford y el Seguimiento del Parkinson) y el Banco de Cerebros de Enfermedad de Parkinson, respectivamente.

Su objetivo era generar firmas de expresión multiproteicas con potenciales biomarcadores. Los análisis de expresión diferencial destacaron proteínas y vías clave. Por ejemplo, las proteínas de las cascadas de complemento y coagulación sugieren una relación de la enfermedad con la respuesta inmunitaria.

Estos hallazgos representan un avance significativo en la investigación del Parkinson y ofrecen innovadoras oportunidades tanto para la atención clínica como para la investigación traslacional en esta enfermedad neurodegenerativa.

En Citogen, somos el primer centro autorizado en Europa para ofrecer el ensayo SomaScan de SomaLogic. Si desea obtener más información sobre esta tecnología y explorar las distintas aplicaciones del ensayo, no dude en ponerse en contacto con nosotros.

Avances significativos en el estudio del cáncer de colon gracias a la tecnología de NanoString

Avances significativos en el estudio del cáncer de colon gracias a la tecnología de NanoString

La semana pasada fue el Día Mundial del Cáncer de Colon, y queremos compartir dos artículos publicados recientemente en los que se muestran los resultados de diversos estudios sobre esta enfermedad, utilizando la tecnología de NanoString.

Entender los mecanismos moleculares del cáncer de colon es clave para la identificación de nuevos marcadores y dianas terapéuticas. Estos estudios buscan descifrar perfiles transcriptómicos espaciales únicos utilizando GeoMx Digital Spatial Profiler que contribuyan a la identificación de marcadores diagnósticos y posibles dianas terapéuticas.

Spatial Transcriptomic Profiling of Tetraspanins in Stage 4 Colon Cancer from Primary Tumor and Liver Metastasis

El cáncer de colon en estadío 4, cuando ya se ha propagado a otras partes del cuerpo, representa un gran desafío para la salud global debido a su mal pronóstico y sus opciones de tratamiento limitadas.

Recientemente, las tetraspaninas, proteínas transmembrana involucradas en procesos cancerígenos, han ganado atención como marcadores diagnósticos y dianas terapéuticas. Sin embargo, su expresión espacial y sus posibles roles en el cáncer de colon en estadío 4 todavía no se conocen. Utilizando GeoMx Digital Spatial Profiler, los autores de este artículo analizaron 33 genes de tetraspaninas humanas en tejidos de cáncer de colon en estadío 4, segmentados en compartimentos de células inmunes, fibroblastos y tumorales.

Los resultados revelaron diversos patrones de expresión génica en diferentes subregiones tumorales. CD53 mostró una sobreexpresión distintiva en el compartimento inmune, sugiriendo un posible papel en la modulación inmune. TSPAN9 estaba sobreexpresada específicamente en el compartimento de fibroblastos, sugiriendo su participación en la invasión tumoral y metástasis. CD9, CD151, TSPAN1, TSPAN3, TSPAN8 y TSPAN13 mostraron sobreexpresión específica en el compartimento tumoral, indicando posibles roles en el crecimiento tumoral. Además, observaron cambios significativos en la expresión de tetraspaninas entre los tejidos primarios de cáncer de colon en estadío 4 y las metástasis hepáticas de los pacientes.

Estos resultados proporcionan un mayor conocimiento sobre la expresión y los posibles roles de las tetraspaninas en la progresión del cáncer de colon en etapa 4, proponiendo su utilidad como marcadores diagnósticos y dianas terapéuticas, lo cual resulta beneficioso para adaptar las estrategias terapéuticas.

Spatial profiling of cancer-associated fibroblasts of sporadic early onset colon cancer microenvironment

La incidencia del cáncer de colon de inicio temprano esporádico (EOCC, por sus siglas en inglés) ha aumentado en todo el mundo. Sin embargo, los mecanismos moleculares en el tumor y en el microambiente tumoral en EOCC no se comprenden completamente.

El objetivo de este estudio fue desentrañar perfiles transcriptómicos y proteómicos espaciales únicos en las células epiteliales tumorales y los fibroblastos asociados al cáncer (CAFs, por sus siglas en inglés).

Compararon los datos de pacientes con EOCC (<50 años) con los datos de pacientes con cáncer de colon de inicio tardío (>50 años); LOCC, por sus siglas en inglés. El análisis transcriptómico espacial de 112 áreas de interés, utilizando GeoMx Digital Spatial Profiler de NanoString demostró que los CAFs con expresión positiva de proteína asociada a fibroblastos (FAP+) en el margen invasivo del tumor de EOCC tenían una regulación positiva significativa de la vía de señalización WNT y niveles más altos de de FGF20. Sin embargo, las células tumorales vecinas, mostraban niveles significativamente más altos de FGFR2 y activación de la señalización PI3K/Akt.

En resumen, este estudio evidencia las posibles implicaciones clínicas de los CAFs FAP(+) en el margen invasivo del tumor de EOCC al influir en las células epiteliales tumorales adyacentes. Se requieren investigaciones adicionales para corroborar este mecanismo propuesto y comprender completamente las implicaciones de los CAFs en el margen invasivo del tumor de EOCC.

En Citogen, contamos con la tecnología de NanoString para realizar estudios de análisis transcriptómico y proteómico. Para obtener más información sobre nuestros servicios de Genómica y Transcriptómica

¿Qué son los SOMAmer® que se utilizan en el ensayo SomaScan®?

¿Qué son los SOMAmer® que se utilizan en el ensayo SomaScan®?

La detección e identificación de proteínas se ha realizado tradicionalmente utilizando anticuerpos. La plataforma SomaScan utiliza aptámeros de ADN monocatenario llamados SOMAmer® (Slow Off-rate Modified Aptamer) que se modifican para mejorar la especificidad y sensibilidad para la detección de proteínas.

Estos reactivos SOMAmer® de afinidad de proteínas se utilizan en el ensayo SomaScan® para medir hasta 11,000 proteínas en una muestra de suero o plasma de 55 µL. Si desea obtener más información sobre SomaScan y explorar las distintas aplicaciones del ensayo, no dude en ponerse en contacto con nosotros.